Σκοπός του ΕΠΜΣ «Φαρμακευτική Βιοτεχνολογία» είναι η ειδίκευση επιστημόνων που εργάζονται στη PHARMATHEN, αλλά και νέων αποφοίτων ΑΕΙ της ημεδαπής στο πεδίο της Φαρμακευτικής Βιοτεχνολογίας μέσω της παροχής των γνώσεων, των ικανοτήτων και των δεξιοτήτων που είναι απαραίτητες προκειμένου να σταδιοδρομήσουν στο πεδίο αυτό και να αποτελέσουν στο μέλλον ηγετικά στελέχη που θα συμβάλλουν στην διαρκή ανάπτυξή του.